有機質(zhì)譜儀基本工作原理：以電子轟擊或其他的方式使被測物質(zhì)離子化，形成各種質(zhì)荷比（m/e）的離子，然后利用電磁學原理使離子按不同的質(zhì)荷比分離并測量各種離子的強度，從而確定被測物質(zhì)的分子量和結(jié)構(gòu)。

有機質(zhì)譜儀主要用于有機化合物的結(jié)構(gòu)鑒定，它能提供化合物的分子量、元素組成以及官能團等結(jié)構(gòu)信息。分為四桿質(zhì)譜儀、離子阱質(zhì)譜儀、飛行時間質(zhì)譜儀和磁質(zhì)譜儀等。

有機質(zhì)譜儀的發(fā)展很重要的方面是與各種聯(lián)用儀（氣相色譜、液相色譜、熱分析等）的使用。它的基本工作原理是：利用一種具有分離技術(shù)的儀器，作為質(zhì)譜儀的"進樣器"，將有機混合物分離成組分進入質(zhì)譜儀，充分發(fā)揮質(zhì)譜儀的分析長，為每個組分提供分子量和分子結(jié)構(gòu)信息。

可廣泛用于有機化學、生物學、地球化學、核工業(yè)、材料科學、環(huán)境科學、醫(yī)學衛(wèi)生、食品化學、石油化工等領域以及空間技術(shù)和*工作等種分析方面。

無機質(zhì)譜儀與有機質(zhì)譜儀工作原理不同的是物質(zhì)離子化的方式不一樣，無機質(zhì)譜儀是以電感耦合高頻放電 (ICP)或其他的方式使被測物質(zhì)離子化。

無機質(zhì)譜儀主要用于無機元素微量分析和同位素分析等方面。分為火花源質(zhì)譜儀、離子探針質(zhì)譜儀、激光探針質(zhì)譜儀、輝光放電質(zhì)譜儀、電感耦合等離子體質(zhì)譜儀。火花源質(zhì)譜儀不僅可以進行固體樣品的整體分析，而且可以進行表面和逐層分析甚液體分析；激光探針[1]  質(zhì)譜儀可進行表面和縱深分析；輝光放電質(zhì)譜儀分辨率高，可進行高靈敏度，高精度分析，適用范圍包括元素周期表中大多數(shù)元素，分析速度快，便于進行固體分析；電感耦合等離子體質(zhì)譜，譜線簡單易認，靈敏度與測量精度很高。

質(zhì)譜分析法的點是測試速度快，結(jié)果。廣泛用于地質(zhì)學、礦物學、地球化學、核工業(yè)、材料科學、環(huán)境科學、醫(yī)學衛(wèi)生、食品化學、石油化工等領域以及空間技術(shù)和*工作等種分析方面。